Het bestuur van de Stichting Museumhaven Zeeland heeft de taken als volgt verdeeld:
| Voorzitter | Jaap Verwest |
| Secretaris | Sander Lettinga |
| Penningmeester en Planning | Johan Verwaard en Jan Harmen van den Hamer |
| Sponsoring en PR | Cees Dogger |
| Museum en Educatie | Carel Beulink |
| Lid | Jaap Schot |
Bestuursadviseur en aansturend persoon voor de interne organisatie is:
- J.A.B. den Boer, coordinator vaartochten/externe vertegenwoordiging
De Stichting is ingeschreven bij de Kamer van Koophandel en Fabrieken voor Zeeland te Middelburg onder nummer: 4114477. De Stichting heeft een rekening bij de SNS bank Zeeland, Zierikzee, nummer: 81.09.17.777. Het BTW nummer is 0094.11.987.B.01.